故事发生在化身“江户川柯南”之前——高中生侦探工藤新一正和青梅竹马的毛利兰一同游览米花水族馆。这次游玩的真正目的，是为了实施让分居的兰的父母——毛利小五郎和妃英理重归于好的“水族馆惊喜重逢恋爱复活大作战”而进行事先勘查。然而，欢乐的时光突然中断。当新一察觉到人群尽头弥漫着不寻常的气息时，他立刻判断出发生了命案，赶忙让兰去叫工作人员。面对兰“明明没听到尖叫怎么能察觉到案件”的疑问，新一严肃地回答道：“是血腥味……”此时，这位绯色高中生侦探即将顺着血腥味赶到现场，调动所有感官找出真凶！而在这起案件背后，竟然隐藏着通往那场宿命邂逅的“第二次勘察”……！？