爱力克兄弟分隔在两个世界，他们各自想尽办法，只为实现兄弟再会。哥哥爱德华穿越“门”来到了真实世界，此时是公元1923年的德国慕尼黑，一场世界大战一触即发。在这个无法使用炼金术的世界里，爱德华与长相和弟弟极为相似的青年爱尔凡斯一同投身于火箭科技的研究，期望借助火箭重返原来的世界。而在炼金术世界，弟弟阿尔冯斯努力修行炼金术，打扮得宛如曾经的爱德华，还和国家炼金术士们携手，积极寻找让哥哥归来的办法。与此同时，慕尼黑的一个神秘组织暗中启动了寻找理想国“香巴拉”的仪式，这一举动打开了连接炼金术世界与现实世界的“门”。兄弟二人的命运与两个世界的危机紧密交织，爱力克兄弟即将面临前所未有的挑战。