当莉洛（黛维·切斯 Daveigh Chase 配音）和史迪奇（克里斯·桑德斯 Chris Sanders 配音）终于完成任务后，史迪奇即将和贾巴博士（大卫·奥根·斯提尔斯 David Ogden Stiers 配音）以及普利凯利（凯文·麦克唐纳 Kevin McDonald 配音）一同返回他们的星球。然而此时，一个名叫勒罗伊（克里斯·桑德斯 Chris Sanders 配音）的邪恶试验品出现了。野心勃勃的汉姆斯特维尔博士（杰夫·贝内特 Jeff Bennett 配音）打算将极其危险的勒罗伊复制成一支军队，以统治整个宇宙。为了粉碎汉姆斯特维尔博士的阴谋，莉洛和史迪奇再度携手，这次他们要面对的是比以往更强大、更危险的敌人。