小智（松本梨香 配音）一行人在磨练技艺的旅途中来到了欧鲁德朗城，这里正举办着为纪念百年前阻止战争的勇者亚朗而设的对战祭典。小智携皮卡丘（大谷育江 配音）勇敢参赛，凭借强大实力最终夺冠，获得了珍贵宝物“勇者之杖”。 可小智没想到，传说中的神奇宝贝路卡利欧竟从杖中现身，它的出现揭开了一个隐藏百年的秘密。与此同时，神秘的神奇宝贝梦幻现身会场，掳走了皮卡丘和喵喵。为找回皮卡丘，小智和路卡利欧踏上旅途，他们的目的地是世界初始之树，那里藏着一切问题的答案。