重生的美人鱼在海里快乐地生活着，可当她目睹海面上一艘大船遭遇风暴，船长的女儿苏珊落水遇危时，她纯真的本性和内心深处的秘密又被触发，不顾海神严厉告诫出手挽救了苏珊。在把苏珊送回海港的路上，她们遭遇海盗惊心动魄的追逐，聪明调皮的美人鱼把海盗戏弄得焦头烂额。被船长抓到船上来的海盗们因为宠物猴的帮助成功越狱控制了众水手和大船。美人鱼费劲尽周折帮众人脱险。她无意中听到海盗们的谈话，感觉海盗们也并不是无药可治的坏人，想要帮助挽救他们。此时大船触礁沉没，船长和海盗们都被冲上一个小岛，这时岛上危险的巨人成为了大家共同的敌人。