在一个政府秘密计划中，科学家本训练了几只动物间谍。这些受到高强化训练并且全身武装了最先进侦察设备的豚鼠们在一个家电制造商的电脑里发现世界的命运掌握在它们的小爪中。团队成员达尔文（ 山姆·洛克威尔 配音）是队长，坚决要不惜一切代价取得成功；布拉斯特（ 崔西·摩根 配音）是位有着许多想法同时对所有事情都极度热爱的武器专家；而华蕾斯（ 佩内洛普·克鲁兹 配音）则是一位性感的武功高手；再加上飞檐走壁的侦察员-苍蝇莫奇和精通电脑和信息技术的星鼻鼹鼠斯贝克尔斯（ 尼古拉斯·凯奇 配音）。在执行任务期间，它们遇到了形形色色动物王国里的其它成员，其中包括宠物店里不务正业，胆小怕事，但最后救了达尔文的赫尔利（ 乔恩·费儒 配音）和敏感，疯狂保卫自己领土的白鼬——巴克（ 史蒂夫·布西密 配音），展开了一场前所未有的精彩冒险。最后，他们得知这场阴谋的幕后操纵者竟然是他们的好伙伴斯贝克尔斯，因为斯贝克尔斯深恨人类对鼹鼠家族的捕杀。在达尔文他们的努力劝说下，斯贝克尔斯终于醒悟，从而化解了一场灾难 。