多年来，哥斯拉持续破坏日本。为此，〈G对策总部〉发明了黑洞炮来应对它。然而，黑洞炮实验发生意外，致使古代巨大昆虫超翔龙重现于世。超翔龙转而攻击哥斯拉，日本就此沦为哥斯拉、超翔龙与人类三方激烈对抗的战场。