2002年冬天，横浜大桥突然被战斗机炸毁，媒体虽称是自卫队战机所为，但这架战机实际上并不存在，民众因此对自卫队产生了广泛的不信任感。特车二课第二小队队长后藤（大林隆介 配音）察觉到此事与1999年失踪的自卫队队员柘植有关。1999年，日本陆上自卫队的机器人小队在一次联合国维和行动中全军覆没，而柘植是特车二课第一小队队长南云（榊原良子 配音）昔日的恋人。民众的不信任感达到顶点，处于戒严状态的东京面临大骚乱，人们被战争即将爆发的危机所笼罩。在自卫队王牌队员荒川的协助下，后藤（大林隆介 配音）和南云追踪到了柘植的下落。后藤召集起泉（富永美伊奈 配音）、篠原（古川登志夫 配音）等特车二课的原成员，启动PATLABOR机器人进攻柘植的根据地…… 本片是押井守导演推出的《机动警察PATLABOR》第二部剧场版。