影片背景设定在11世纪的波斯，一名英国人为学习医术，隐瞒自己天主教徒的身份，加入了伊斯巴罕一所仅招收犹太人的医学院。他的导师是阿维森纳，这是一位历史上著名的犹太科学家、思想家和医生。阿维森纳著有200多部作品，最知名的有《哲学、科学大全》，在当时堪称高水平的百科全书；另一部巨著《医典》，直至17世纪仍被西方国家奉为医学经典，至今仍具参考价值。《神医》将史诗元素与虚构情节相结合，展现了在那个被愚昧和迷信笼罩的世纪里，一群人无畏探索真知的精神。