在繁华时尚的忍者岛，乐高小人们原本过着快乐无忧的生活，只是隔三差五会遭受邪恶魔头加满都（贾斯汀·塞洛克斯 配音）的入侵骚扰。好在有英勇无畏的幻影忍者一次次挺身而出，与魔王大战，才让忍者岛免遭邪恶统治。绿色忍者劳埃德（戴夫·弗兰科 配音）是加满都的亲生儿子，不知情的市民常常嘲笑辱骂他。郁闷的劳埃德只能把怒火发泄在以破坏为乐的加满都身上。加满都在又一次被挫败后，带着更强大的军团卷土重来。危急时刻，劳埃德启动了吴大师（成龙 配音）禁止使用的终极武器，却给忍者岛带来了毁灭性灾难。为拯救忍者岛，幻影忍者们踏上艰难旅程，甚至还与加满都展开了合作。