魔术师（御主）和英灵（从者）为了争夺能够实现所有愿望的许愿机“圣杯”而战斗，在“圣杯战争”发生的十年后，冬木市又一次掀起了战争。前代“圣杯战争”的参加者卫宫切嗣的养子·卫宫士郎继承遗志，下定决心参战。卫宫士郎的身边，陪伴着一位仰慕他的少女——间桐樱。她每天早晨晚上都来到卫宫家，为他打扫房间和制作料理，她和孑然一身的士郎度过了平稳而又充满温情的日子。但是，战争开始后，冬木市的气氛就变了。冬木市到处传出发生凶杀案的消息，全镇都笼罩在一股不安的气氛里，于是士郎决定让樱留宿在自己家里。卫宫士郎召唤出从者·Saber后，和身为正统魔术师的远坂凛结盟，一起面对“圣杯战争”。但是有人暗施诡计，让这场战争开始逐渐陷入混乱 。