在半空之中，“知识之箱”闪烁着多彩光芒漂浮着，里面藏着数不尽的世界、时间与人类。杜娅尔（种田梨沙 配音）和多萝茜（佐仓绫音 配音）在“知识之箱”中穿梭，和侵蚀各个世界的病毒战斗。只要是被病毒污染的世界，都要尽快消除。某一天，两人察觉到新病毒出现，便赶了过去，结果发现了遭到病毒袭击的少女莉莫（花守由美里 配音）。少女失去了记忆，只知道自己的性命，而她说出的第一句话，关乎着所有人的命运……