人気ゲームソフトのＴＶアニメ版を映画化したアドベンチャー・アニメーション。近未来の高度に電脳化された世界を舞台に、ネットを介して人々の平和を脅かす闇の勢力と、ネットナビ・ロックマンをパートナーに持つ一人の少年の対決を描く。同時上映は「劇場版デュエル・マスターズ」。 邪悪な電脳生命体・ネビュラグレイが“電脳世界”で活動を始め、各地で非物質化現象が起こり、“現実世界”の消滅が続いていた。このままでは、“現実世界”と“電脳世界”の逆転が起こり、地球は消滅の危機を迎えてしまう。そこで、世界の平和を守るネットセイバー・光熱斗（ひかりねっと）は、パートナーのネットナビ・ロックマンとともに、ネビュラグレイの破壊を試みる。しかし、その行く手に最強のネットナビ・フォルテが立ちはだかるのだった。