爱德华和阿尔冯斯两兄弟深陷悲伤之中，他们妄图借助炼金术中最为禁忌的人体炼成术让离世的母亲起死回生，却不料招致了巨大的灾祸。阿尔冯斯失去了身体，灵魂被禁锢在铠甲里，爱德华则付出了自己右臂和左脚的代价，才将弟弟留在了冥国门前。多年过去，爱德华成长为这个国家最年轻的钢之炼金术师，他和弟弟齐心协力，一同踏上寻找贤者之石的征程。与此同时，神秘的人造人拉丝特、恩维潜藏在这个国家的各个角落，她们谋划着恐怖的阴谋，使得整个国家上空阴云密布…… 本片改编自荒川弘的原作漫画。