在漫画连载至第5、6话左右时，编辑部提出了动画化的意向 。在漫画原著受到欢迎后，读卖电视台制片人诹访道彦看到了商机 。在持续看了10周漫画后，诹访道彦决定做一部改编动画片 。1995年2月至3月左右，制片人确定《名侦探柯南》成为《 魔法骑士》的接档动画片 。因为第1集柯南几乎没有出场，所以《名侦探柯南》是先从第2集开始制作的 。因为漫画开始连载没有经过多久就播出了动画片，为了不追上原著进度，该片从一开始就加入了原创剧情。最初的原创剧集——第6集《情人节杀人事件》（1996年2月12日播出）中青山刚昌对剧本进行了详细的检查，后续的原创剧集则交给了动画制作团队。第96集《走投无路的名侦探 连续两大杀人事件》是最先开始进行数字制作的剧集 。2001年1月8日播出的2小时特别篇《名侦探齐聚一堂！工藤新一VS怪盗基德》已经采用了全片数字制作的形式。同时从该集起，作品使用3D的门作为过场画面。2001年起，日铁西日本策划由参加者在西日本各地的旅游胜地解开谜团的旅行活动“名侦探柯南推理之旅”。每次活动结束后，会播放以旅行的谜团和故事为基础的动画原创剧集。2007年1月15日播出的《1年B班大作战！》起，作品的音乐进行了整体的更新 。2014年4月23日在 NOTTV首播的《逃亡者·毛利小五郎》是纪念《 名侦探柯南：异次元的狙击手》公映的特别企划节目之一 。2014年6月14日播出的第742集《与J联盟选手的约定》 、2018年7月14日播出的第907集《J联赛的保镖》 、2023年5月13日播出的第1083集《日职联赛决赛的舞台背后》是 日本职业足球联赛与该片合作的剧集 。2016年4月16日播出的剧集《悄悄逼近安室的黑影》是电影《 名侦探柯南：纯黑的噩梦》外传性质的剧集。2017年4月1日播出的该片是仅限当晚的《名侦探平次》特别版本 。4月15日播出的剧集《消失的黑带之谜》是《 名侦探柯南：唐红的恋歌》的前传 。2018年4月7日播出的剧集《蛋糕融化了！》是《 名侦探柯南：零的执行人》的前传 。2019年4月13日播出的剧集《美食广场的阴谋》是《 名侦探柯南：绀青之拳》的外传 。同年诹访道彦被调往ytv Nextry，作品的署名字幕随之于6月1日作出变更 。8月10日，播出与电视剧《轮到你了-反击篇-》合作的剧集《广播电台的烦恼咨询（解谜篇）》 。2019年9月21日，片方宣布《名侦探柯南》在2020年1月连续4周播出特别篇《大怪兽哥美拉对战假面超人》，并发布先行视觉图 ，同年11月27日，作品发布《大怪兽哥美拉对战假面超人》的主视觉图 。12月25日，片方宣布搞笑组合“ 巧克力星球”担任特别篇客串配音 。2020年12月16日，片方公布针对播出1000回的企划“猜猜看重启（Reboot）的神回！”及其视觉图，宣布以新制作阵容和技术重制《名侦探柯南》中被称作“传说中的神回”的剧集，对应剧集的剧照包含在视觉图的背景图片中。 2021年1月8日至3月5日 ，作为播出1000回纪念企划第2部分“最佳片头片尾曲”中的内容，动画片《名侦探柯南》官方 YouTube频道期间限定发布历代片头片尾影像。同时，片方还在特别设立的网站展开投票企划。 2021年1月13日，片方发布了“猜猜看重启（Reboot）的神回！”的追加视觉图，而提示也包含在视觉图中。2021年2月3日，正确答案公布。 重新制作的《钢琴奏鸣曲〈月光〉杀人事件》于2021年3月6日、13日以上下集的形式播出 。