西暦2088年。世界を支配する企業ヤシロ・アコロジーは、遺伝子操作により人間兵器ギルステインを生み出していた。ギルステインにされた人間は、人の心を失い殺戮に明け暮れる獣と化す。しかし、友人の裏切りでその実験台にされたカオスだけは人の心を失わず、ドネガ率いるゲリラ組織の仲間となり、復讐の機会を伺っていた。そんなある日、ギルステインに母と妹を殺害され、自らも追われる身となった少女・サビを助けたカオスは、誘拐された彼女の父親・スアド博士を救出すべく、彼女と共にヤシロ・アコロジーに潜入。そこで、ヤシロの社長・ムデムがスアド博士を使って開発した人の感情を操るカドケウス・プロジェクトなる悪魔の計画を知り、元恋人でその研究員であるレイメイがたった2本だけ残したワクチンで一度は元の姿に戻るも、それを阻止する為、再びギルステインとなって戦いを挑んでいく。ところが、ムデムの策略でスアド博士もまたギルステインにされていたことが判明。カオスは最後のワクチンで博士を元の姿に戻すと、ゲリラ組織と協力してヤシロ・アコロジーを壊滅するのだった。