年轻的X教授查尔斯（詹姆斯·麦卡沃伊 饰）和万磁王埃里克（迈克尔·法斯宾德 饰）曾是志同道合的好友。他们最早发觉自己拥有超能力，还和其他几位变种人一同在CIA任职。引发埃里克超能力的纳粹战争贩子肖（凯文·贝肯 饰）妄图挑起核战争，处心积虑地激化美苏两国的矛盾。埃里克和查尔斯不断与肖手下的变种人展开战斗，竭力阻止肖的阴谋。肖鼓动苏联引发了古巴导弹危机，查尔斯和埃里克得知消息后，在海湾与肖手下的变种人展开了一场对决。最终，肖被查尔斯和埃里克联手消灭。然而，在此过程中，埃里克逐渐受肖的政治观点影响，与查尔斯产生了分歧。经过海湾的这场战斗，埃里克和查尔斯彻底决裂，一方成为支持人类与变种人和平共处的X教授，另一方则秉持通过消灭人类来实现变种人崛起的观点，自称为万磁王。