在邪神加坦杰厄和迪迦奥特曼决战结束后，人类世界享受了长达两年的和平。这天，入间队长跟随GUTS考古队来到南太平洋的远古遗迹露露耶，在这里，他们又发现了已被毁灭的超古代城市，还有三尊邪神的石像——希特拉（婆裟羅天明 饰）、达拉姆（松田優 饰）以及女领袖卡美拉（芳本美代子 饰）。入间强烈反对触动古迹，却无法改变上层的决定，最终致使三尊邪神复活，人类再次陷入危机。与此同时，圆·大古（长野博 饰）和柳濑·蕾娜（吉本多香美 饰）感情稳定，即将步入婚姻殿堂。然而，邪神指挥其爪牙向人类世界发起攻击，早已失去奥特曼力量的大古，面对眼前的危机毫无办法。三千万年前毁灭人类文明的遥远记忆，不断折磨着大古和迪迦奥特曼……