弘化元年三月，明石藩江户家老间宫 （ 内野圣阳 饰），在老中土井家 （ 平干二朗 饰）宅邸前切腹自杀。间宫的死，是为了控诉生性残暴枉杀百姓的明石藩主松平齐韶 （ 稻垣吾郎 饰）。齐韶是当今将军德川家庆之弟，明年将就任老中。这起自杀事件，震惊幕府内外。土井认为此事关乎国家存亡，密令御目付役岛田新左卫门 （ 役所广司 饰）暗杀齐韶。新左卫门受命后，开始四处奔走，并召集到御徒目付组头仓永 （松方弘树饰）、剑豪浪人平山 （ 伊原刚志 饰）、侄子新六郎 （ 山田孝之 饰）等十一位强者。暗杀计划秘密准备着，却被齐韶的心腹鬼头半兵卫（市村正亲 饰）掌握了情况。鬼头曾与新左卫门是习剑时候的同门师兄弟，二人却选择了不同的道路。鬼头得知暗杀计划后，并未打草惊蛇，却开始密谋与新左卫门一战。新左卫门等人，认为只能在齐韶从江户参勤交代结束后，返回明石的路上埋伏作战，袭击的地点定在了交通要塞落合宿。只要尾张藩阻止明石藩一行经过藩内，明石藩就定会经过落合宿。为此，新左卫门恳请尾张藩的木曾上松御阵屋诘牧野靭负 （ 松本幸四郎 饰）出力相助。靭负的儿子与儿媳都死在齐韶刀下。刺客们立即着手改造落合宿，途中，山民木贺小弥太 （ 伊势谷友介 饰）决定加入。就这样，十三名刺客聚集在落合宿。新左卫门一行做好全部准备工作后，开始等待明石藩的人马，却左等右等始终未现身。就在大家以为计划落空之时，拥有两百多名骑兵的大队，浩浩荡荡地向落合宿急驰而来。原来，鬼头为这一战准备了充足的人马。混战中，新左卫门引爆了大桥，切断了明石藩的退路。十三名刺客，对阵三百人兵团的生死之战，就此上演 。