主角赖川浩司是一名记者，日本出现怪异现象后，他前去调查。原来怪异现象的源头是来自另一个天体的机械兽母舰（又译“复古母体”），它曾在千万年前降临过地球，恐龙灭绝就与它有关，如今它再度来到地球，企图灭绝人类。浩司的好友木村加奈被机械兽母舰抓走当作祭品，浩司也因此遇害。所幸地底人将他改造，并为他注入J力量，使他成为假面骑士J。之后，他与机械兽母舰的三位使者卡赖、亚基度和亚魅展开战斗，最终在全剧末尾与机械兽母舰进行决战，拯救人类。