都市中接连发生女性被杀事件，警方调查发现犯案者是异形怪物。主角风祭真一直受相关事件梦境的困扰。风祭真的父亲是遗传学研究所的科学家，真自愿成为治疗不治之症的实验品，却被疯狂科学家鬼塚用于现阶段最危险的生化实验——Lv3遗传因子操作实验，从而变成了生化战士：真·假面骑士。鬼塚的最大目的是将真作为军事武器献给幕后BOSS“财团”。最终，真逃出了“财团”的掌控，并与“财团”的超级改造战士豪岛展开了生死对决。