明朝万历年间，锦衣卫林镇南因为偷了武功秘笈《葵花宝典》而被朝廷追杀，华山派受托派出大弟子令狐冲和师妹岳灵珊救援林家，无奈两人实力不够，领得林镇南遗嘱后遁走。令狐冲初入江湖时武功平平，后获传《笑傲江湖》曲谱和独孤九剑。各路人马为得到《葵花宝典》聚于苗人地界，最终演变成东厂、华山、嵩山和日月神教的四派大战。