在不远的未来，即昭和100年（2025年），世界人口已超过100亿，一项名为“火星地球化计划”的世界级太空开发项目正在进行中。一天，一艘名为“伊邪那美号”的宇宙飞船在从火星返回途中坠毁在日本，飞船唤醒了被其捕获的怪兽涅加顿。人类能否击败……