CGアニメ『ビーストウォーズ』の後を受けて日本が独自に製作したTVアニメ『超生命体トランスフォーマー ビーストウォーズII（セカンド）』。その完全新作の劇場版が本作で、CGアニメ版のサイバトロン総司令官コンボイの活躍がセルアニメとして描かれる。 惑星ガイアで続くサイバトロン戦士とデストロン軍団の戦い。まだ生まれたばかりのサイバトロン戦士ライオジュニアは早く一人前に認めて欲しいと願うが、そんな彼を悪事に利用しようとデストロン軍団の破壊大帝ガルバトロンは企てる。これと前後してガイアには伝説の巨大デストロン・マジンザラックが出現。次元を超えて現れた強敵を前に苦戦するサイバトロンのライオコンボイ総司令官だが、そこに何者かが……？ 葦プロダクションの実制作だったTV版『II』と異なり、本作は円谷プロダクションが実質的な作画作業を行っている。『映画版ビーストウォーズ スペシャル』全3作のひとつとして上映された。