暗黑纽宇宙中的「キョアック星」长期以来不断侵略宇宙中的众多星球，并将它们纳入麾下。如今，其邪恶的侵略之手已伸向地球。就在此时，国分寺博士依据一幅巨大机器人的壁画，成功制造出合体机器人「ゲキ・ガンガー3」。据说这幅壁画是拥有超科技的「超古代縄文人」预见到キョアック星人的侵略而绘制的。为了守护地球的绿色，「ゲキ・ガンガー3」与キョアック星人的「メカ怪獣」展开了一场场激烈的殊死搏斗……