小行星撞击地球后，大地遭名为「忍」（シノビ）的毒害，异形诞生并攻击人类，人们被迫逃往曾是海底的「海陆」。拯救世界的唯一办法是复活「机神将」（机神将（ギガロード））。大约五百年后，亡国「伊势」的公主巫女雨和拥有人间兵器「柳生」（ヤギュウ）血脉的少年周防站了出来……