耕平与五名微型人享受着短暂的和平。然而，耕平家人乘坐的客机神秘消失了。与此同时，世界各地频繁出现建筑物等消失的怪异现象，亚瑟等微型人认为这是邪恶军团阿克洛伊亚的所作所为。他们感知到太平洋上有重力异常，便带着耕平急忙前往一座神秘的岛屿。在那里等待他们的，是企图征服地球、抹去全人类的阿克洛伊亚军最强战士——戈尔贡！这是《小巨人 微型人》的剧场版动画，于1999年夏天作为东映动画节的作品之一公开上映。