以决斗守护新童实野市的 不动游星遇到了来自未来世界的神秘男子 帕拉多克斯。跟他的决斗过程中，游星的王牌同调兽—— 星尘龙被他夺走了。在红龙的力量相助下游星进行时间旅行，遇到了正在和 帕拉多克斯战斗着的能使用卡片精灵力量的 游城十代。游星在此得知事件的真相。追赶 帕拉多克斯，游星和十代一起来到传说的决斗者武藤游戏所在的时代并与之相遇。为了拯救世界，也为了取回游星的星尘龙，三人发誓合力一战。武藤游戏、游城十代、不动游星跟帕拉多克斯展开壮烈的决斗！