西亚古共和国将军卡路玛在国家解体时逃往日本政治避难，期间发表制造恐怖活动的声明。多年后，卡路玛麾下一群文有“梵”字的特工相继自杀，卡路玛也意外身亡，几乎每个人都留下了绰号为“傀儡师”的黑客即将到来的讯息。近两年实力不断壮大的公安九课受命展开调查，户草和巴特层层追查，发现草薙素子也牵扯其中。随着调查深入，近年多起诱拐案件、逐渐显现的贵腐老人现象，甚至日本一些重要部门都与“傀儡师”案件有关。层层迷雾被揭开，惊人的真相逐渐浮出水面…… 本片根据士郎正宗的同名原著改编，是旧版重制的3D版。