与之前的动画作品不同，本作首次以不可思议的迷宫系列改编。一个小男孩一觉醒来发现自己变成杰尼龟，于是和小火龙与菊草叶组成进取队而展开救难的冒险，里面的寶可夢都会说人类的语言，到底他们会经历哪些冒险呢？