在过去或未来，人类开启大规模宇宙殖民。当人口膨胀至五千亿，散落在宇宙各处的人类返回地球，引发了伤亡巨大的归乡战争。为守护地球这片圣地，人类制定盖亚制裁，规定不许任何人染指。曾是联合舰队舰长的哈洛克（小栗旬 配音）背叛盖亚制裁，驾驶阿尔卡迪亚号举叛旗，成了逃逸百年的通缉犯。联合舰队长官伊索拉（森川智之 配音）让弟弟亚马（三浦春马 配音）混入阿尔卡迪亚号，探寻尼伯龙根人发明的永动机秘密。期间，哈洛克率船员向地球进发，联合舰队则在太阳系设下重重阻拦。遥远故土与失落真相，令人震惊…… 本片改编自松本零士的经典科幻漫画。