这个故事发生在米罗（詹姆斯·阿诺德·泰勒 配音）和齐达（克里·萨莫 配音）留在亚特兰提斯之后。几艘货船在亚特兰提斯北方海域遭到攻击，米罗、齐达和前来探险的小组展开调查，发现攻击者并非机械龙虾，而是一股神秘力量。 度过此次危机后，齐达决定探寻最大限度利用魔幻水晶的方法。她和米罗以及探险队员踏上旅程，试图揭开事件背后的谜团。他们面临一个关键抉择：是运用魔幻水晶，还是将其永远隐藏。在寻找答案的过程中，他们遭遇诸多挑战与危险，既要面对内心的矛盾和观念冲突，又要权衡利益与可能产生的后果，而这个决定将关乎亚特兰提斯的未来和他们自身的命运。