小姑娘玛丽在印度的一次地震中失去父母，玛丽被送到她姨丈克克莱文勋爵在英国的庄园。这个庄园中有一个神秘的花园，她的姨妈就是从花园的秋千上掉下来摔死的，为此克莱文认为那个花园是不祥的，吩咐永远将花园门锁上，并把钥匙藏在姨妈的小柜里，并一直不愿见到儿子，怕受到同样的诅咒。后来，玛丽通过一只有灵性的知更鸟找到了花园门，并用门钥匙打开了花园的门。玛丽在庄园里发现克莱文儿子科林，他因病魔缠身而自我幽禁在房间中，玛丽不断秘密地去看科林。科林在玛丽和迪肯的陪伴下开始坐轮椅去秘密的花园游玩，科林也在玛丽和迪肯鼓励下克服了走路的恐惧。克莱文梦见妻子呼唤他回家，克莱文便回家了。他赶快去了秘密的花园里，发现孩正在捉迷藏。克莱文勋爵和儿子重逢，玛丽也已成为他家庭的一员 。